A legjobb 64 csapat között már az élvonalbeli együttesek is bemutatkoznak, a párharcok egy mérkőzésen dőlnek el, az alacsonyabb osztályú együttes lesz a pályaválasztó, azonos osztálybeli ellenfeleknél a korábban kevesebb hazai mérkőzésen szereplő csapat játszhat otthon, ha ez a szám megegyezik, akkor az elsőként kihúzott csapat lett a házigazda.
Az M4 Sport által közvetített sorsoláson eldőlt, hogy a címvédő Újpest Tiszakécskére látogat majd, a legtöbb kupagyőzelemmel rendelkező Ferencváros Hatvanba, a Fehérvár Sopronba, a Puskás Akadémia Siófokra, a DVSC Veszprémbe, a Honvéd pedig a másodosztály jelenlegi listavezetőjéhez, a Nyíregyháza balmazújvárosi otthonába.
A 3. forduló hivatalos játéknapjai: szeptember 18-19.
MOL Magyar Kupa, 3. forduló, a párosítások
Veszprém (NB III) - DVSC
Tiszakécske (NB II) - Újpest
Komárom (NB III) - Mezőkövesd
Sényő (NB III) - MTK Budapest
BFC Siófok (NB II) - Puskás Akadémia
FC Sopron (NB III) - MOL Fehérvár
FC Hatvan (megyei I.) - Ferencváros
Nyíregyháza (NB II) - Bp. Honvéd
UFC Gyömrő (megyei I.) - Paksi FC
Vác FC (NB III) - ZTE
DEAC (NB III) - Kisvárda
FC Ajka (NB II) - Gyirmót (NB I)
Bonyhád (megyei I.) - PMFC (NB II)
FC Dabas (NB III) - Haladás (NB II)
Jászberény (NB III) - Balassagyarmat (NB III)
DVTK (NB II) - Szentlőrinc (NB II)
Budaörs (NB II) - Vasas (NB II)
Pápai Perutz FC (NB III) - Budafok (NB II)
Monor (NB III) - Csákvár (NB II)
Felsőzsolca (megyei I.) - Kecskemét (NB II)
Zalaszentgrót (megyei I.) - III. Kerületi TVE (NB II)
Kazincbarcika (NB III) - Szolnok (NB II)
Békéscsaba (NB II) - Dorog (NB II)
Kelen SC (NB III) - Szeged-Csanád Grosics Akadémia (NB II)
Cegléd (NB III) - Kaposvár (NB III)
Karancslapújtő (megyei I.) - Nagykanizsa (NB III)
Sárosd (megyei I.) - ESMTK (NB III)
Szegedi VSE (megyei I.) - Csepel (megyei I.)
Mosonmagyaróvár (NB III) - ETO FC Győr (NB II)
Tököl (megyei I.) - Teskánd (megyei I.)
BVSC-Zugló (NB III) - Iváncsa (NB III)
Tatabánya (NB III) - Soroksár (NB II)
